旋即,宋哲宗下令将孟氏废黜,“出居瑶华宫,号华阳教主、玉清妙静仙师,法名冲真”,一代皇后因为宋哲宗的政治私心和刘氏的苦苦相逼,成为一名带发修行的尼姑。瑶华宫的名字带着几分华丽,不过是坐落在汴京街坊内只有几间破屋子的小院落。地位和待遇一落千丈,且日常生活受到严密监视,孟氏的处境可想而知。元符三年(1100),宋哲宗病逝,宋徽宗即位,旧党在向太后的支持下重新抬头,孟氏被接回皇宫,恢复皇后名号。因刘氏已被封为元符皇后,为了加以区别,孟氏被称作元祐皇后。不料,次年向太后病逝,继而又发生了元祐党人事件,宋徽宗任用新党,贬谪旧党,失去了向太后这座靠山的孟氏再受牵连。崇宁元年(1102)十月,孟氏二度被废,重回瑶华宫,名号改为“希微元通知和妙静仙师”。
之后的二十五年,孟氏一直在瑶华宫过着清苦的日子,虽然惨淡,倒也平静。然而,靖康元年(1126)的一场大火,却将瑶华宫化为灰烬,孟氏只好迁居延宁宫。不久,延宁宫又发生火灾,孟氏不得不搬到位于大相国寺附近的弟弟家中居住。靖康二年(1127),宋钦宗闻悉孟氏的遭遇,便和近臣商量,想再次把孟氏接回皇宫,重新尊为元祐皇后。然而,诏令还没有发出去,金兵就攻陷了汴京。金兵在金太宗的授意下,决定对大宋采取最恶毒的手段,即将整个大宋皇室全部掳往金国,企图彻底灭亡大宋。为此,金兵在汉奸的指认下,将京城内外所有皇室成员统统抓捕。孟氏被废为庶人,甚至被人们遗忘多年,因此幸运地逃过此劫,不仅避免了被金人俘虏北去、客死他乡的灾难,而且在以后的岁月里享受了至高无上的荣耀。塞翁失马,焉知非福,孟氏在“靖康之难”中得以幸免,就是很好的诠释。
金人撤回北方后,张邦昌建立伪楚政权。由于人心思宋,且孟氏在内,赵构拥兵在外,宋王朝的大旗并未完全倒下。为了给自己留条后路,张邦昌一面将孟氏接入皇宫,尊为宋太后,“政事当取后旨”,一面派人将传国玉玺送到赵构手中。不久,张邦昌又尊孟氏为元祐皇后,让她垂帘听政。五月一日,赵构在应天府(今河南商丘)称帝,建立南宋,孟氏于当天撤帘还政,赵构尊她为元祐太后,后又改为隆祐太后。建炎三年(1129)三月,在杭州刚站稳脚跟的赵构遭遇了一次兵变,被迫退位。乱军头目要求赵构“禅位元子(按:赵构之子赵旉),太后垂帘听政”。孟氏不谙政治,不知所措,但迫于形势,只能硬着头皮对叛军曲意抚慰。不久,在韩世忠等人的支援下,叛军溃败,孟氏久悬的心这才放了下来。