明朝末年,中国当时最大的海商兼军事集团首领是郑成功的父亲郑芝龙(1604年~1662年),该集团斡旋于海内外霸权之间,在闽台海域占有支配性的地位,其势力之强大,以致于在明、清两代政权在福建地区的权力交替过程中,起着举足轻重的作用。在抗击荷兰殖民者期间,该集团的力量也不容忽视。
郑芝龙年十八岁时,到澳门的舅舅黄程处学习经商,并于澳门接受天主教洗礼,教名Nicolas,之后往来于东南亚各地,并追随于日本平户岛的华侨巨商李旦门下。李旦去世后,郑芝龙逐渐接收势力,于1623年继承李旦的事业,但因日本施行锁国政策,遂於1624年与同党颜思齐将基地从日本正式迁到台湾笨港(今北港附近),开拓台南以北到嘉义附近沿海一带地区,并筑十个寨。
郑芝龙在台湾建立了基地后,想直接在大陆沿海有个基地发展贸易。郑家军曾多次打击福建沿海的明军部队,突袭金厦明军水师,还在同安境内竖旗招兵,几日内招到几千人。明朝政府福建方面的官员于是又想起了“以夷制盗”的招数。福建巡抚朱一冯与荷兰人密谋“以夷攻贼”,试图消灭郑芝龙的海上势力。
天启七年(公元1627年),都督俞咨皋主持的“以夷制盗”政策开始执行,郑芝龙对官夷勾结很恼火,随即予以还击,出动“火船”攻击荷兰舰队。荷兰韦特司令临阵脱逃,不发一炮,便率领二艘军舰逃返巴达维亚。双方海战,郑芝龙烧毁荷兰快艇奥沃克号,捕获西卡佩号和另外四艘舰船。这次海战,荷兰人惨败,“不得不退却”。
郑家军的海盗们甚至将明金厦水师的船只一把火统统烧了,“全闽为之震动”。至此明朝福建当局已完全对郑束手无策了,只好招抚郑芝龙。从此,郑芝龙掌握了台湾海峡福建一边的制海权,荷兰船只不敢驶近福建海岸,一出现就要被截获,人、船全归郑芝龙所有。而明朝水师更是退缩到港口内。
但作为一个精明的商人和海盗,郑芝龙认识到他的处境;在明军和西洋人的两面夹击下,他的海上独立王国是难以持久的,毕竟船只得靠岸补充给养,经商得有贸易港口;而在明朝官兵的一再捣乱下,台湾被明朝政府怂恿荷兰人占领后,郑家集团一直无法保障自己港口基地的稳定,长此以往必定会使郑家集团象前辈海盗们那样,或被明军勾结洋人灭了,或远走他乡流亡海外。
崇祯皇帝上台后,福建巡抚熊文灿招安海盗,郑芝龙为长远考虑,遂奉招归附明朝政府,从此郑芝龙拥有在大陆的牢固基地,免去背后遭受官兵的威胁与攻击,使其能集中力量对付荷兰舰队及与之勾结的海盗集团,从容经营海上事业,接连打了几次胜仗。
背靠广大内陆,郑芝龙渐渐把东南沿海变成了郑家的地盘。1633年,在明朝的支持下,郑芝龙与荷兰舰队在金门料罗湾决战,击败了荷兰舰队。此役之后,“荷兰驻台湾总督蒲罗曼以武力打开通向大陆的努力宣告失败,荷兰人从此退出福建沿海。”
此次金门之役的胜利使郑芝龙被明朝升为福建副总兵,成为福建水师的主帅。明朝政府困于“流寇”和“北虏”之乱,再无实力可以过问东南沿海了。从此以后,作为海外华商首领之一的郑芝龙同时也是福建水师首领,华商第一次拥有一支实力巨大的军事力量服务于商务开拓。
清朝入关后,南明永历皇帝册封郑芝龙为南安伯,福建总镇,负责福建全省的抗清军务。顺治二年润六月,郑芝龙、郑鸿逵兄弟在福州奉明唐王朱聿键为帝,年号隆武,郑芝龙被册封为南安候,负责南明所有军事事务,一时间权顷朝野,短短的几个月时光是郑芝龙政治生涯的顶峰。
但由于郑氏的武官集团和黄道周为首的文官集团不合,郑芝龙无法控制朝廷,认为复明无望,于是撤仙霞岭兵防后投降清朝,时为1646年。顺治三年,清军攻克福建,擒隆武帝朱聿键,其子郑成功曾苦劝郑芝龙未果,遂儒冠儒服祭拜孔庙后率部出海。之后郑芝龙为清人挟往北京,编入汉军正黄旗,再转镶红旗,1648年赐三等子爵,1653年晋封同安伯,
为了安抚郑成功,清庭对投降的郑芝龙优待有加,数奉皇帝令命其子郑成功投降,郑成功均坚辞不受。1665年,有官员劾郑芝龙纵子叛国乃被削爵下狱,两年后,黄梧(原是郑成功的部下)上疏力主叛将家族当逐出北京,于是,郑芝龙被命充军吉林宁古塔,但最终却未能成行。
顺治十四年,福建巡抚佟国器报截获郑芝龙与郑成功私信,议政王大臣会议遂以通敌罪名奏请将郑氏全家斩首,后改为流徙宁古塔。顺治死后,当时的辅政大臣颁诏斩郑芝龙于宁古塔,一代“海盗之王”就这样死去。