牟子生活的时代,正是道教刚创立的时代。牟子认为道家和佛教思想是一致的,故《理惑论》中的不少论断都引了《老子》等道家之言,甚至还引《老子》以解释佛经。但是,牟子对原始道教和神仙方术却持批判态度。他在书中不惜以四个篇章的笔墨批判神仙方术之荒谬,指出道教那一套“炼丹服药、长生不老”之术,全是捕风捉影的无稽之谈,与佛教所宣讲的大道无为相比是不可同日而语的。秦始皇、汉武帝都追求过长生不死之药,事实证明都是办不到的。他还现身说法,根据自己的亲身经历来揭露道教“辟谷”可以使人长生、成仙的骗局。牟子说,在转入佛门之前,他曾经学过“辟谷”之术,拜过三个师傅,分别自称七百岁、五百岁、三百岁,跟他们学习不到三年,就先后死去了。可见“辟谷”之术是虚假的。
总之,《理惑论》是中国佛教理论的开山之作,是研究中国早期佛教史和儒、道、佛三教关系史不可缺少的重要资料。20世纪以来,国内外佛教界和学术界均对该书作了深入的研究。如我国的胡适、梁启超、周叔迦、余嘉锡、任继愈,法国的马思伯乐、伯希和,日本的福井康顺、常盘大定以及荷兰学者许里和等知名学者均对《理惑论》写下研究论著。20世纪初,该书还曾被译成法文和日文。
鉴于《理惑论》产生了如此深远而巨大的影响,比丘明在《中国佛学人名辞典》中评价牟子为“我国著论弘佛之第一人”。同时,牟子也是岭南地区最早全面系统地阐论佛教的学者,在中国佛教史上占有重要地位。