《理惑论》全书共39章,由序传、正文和跋语组成。“序传”部分介绍了牟子的经历和著书的缘由,所述史事多可与史实相印证,其中一些记述可以补史料之不足。正文分为37篇,采取自设宾主、一问一答的方式写就。所假设的“问者”是一个从北方来的儒者,对佛教提出种种疑问;而设置的答者即是牟子本人,根据对方提出的问题,引经据典予以解答。跋语则解释了本书之所以取“三十七条(篇)”,乃是效法佛教“三十七品”和《老氏道经》三十七篇之数的缘故。
首先,在《理惑论》一书中,牟子明确告诉世人:释迦牟尼既是人又是佛。释迦牟尼创立佛教后,被他的弟子和信徒尊称为圣人,说他生下来就与众不同,有“三十二相”(指佛两足平正、手足有轮纹、面颊如狮子、牙床有40颗牙等)、“八十种好”(指佛眉如月等)。针对时人的怀疑,牟子以中国古代原有的“圣贤”相貌的各种神话传说进行了解释。
其次,牟子在书中以儒、道思想来比附佛教,巧妙地将外来的佛教文化与中国的传统文化融合在一起,体现了鲜明的佛教中国化倾向。作为一个舶来品,佛教于东汉末年传入中国,由于许多主张和做法与中国旧有的风俗习惯不同,和中国固有的伦理道德也有差异,因而受到各方面的激烈反对。世人对佛教多持怀疑、讥毁的态度,常以儒、道经典、言论为依据,提出种种责难。因此,牟子常用儒、道之言来解释佛教,以向世人证明儒、道、佛在精神上是一致的。
如佛教的居士戒有五戒,沙门戒有二百五十戒。当有人责难僧侣修行的戒律不符合国情时,牟子便用儒、道观点释疑,说明这些戒律与中国的传统礼仪没有本质差别;如果能按照佛经和戒律修行,对社会是有好处的。当有人责难僧侣终身不娶、过禁欲生活时,牟子解释说,妻子、财物是过世俗生活的人所必需的。僧侣离开妻子、家庭,放弃世俗生活,就像伯夷、叔齐为“义不食周粟”而逃到首阳山饿死一样,是一种高尚的行为。这些修行佛道的人,重视的是生命而不是财欲,其精神与儒、道是相通的。他还举孔子讲过“食谷者智、食肉者鄙”的话,用以证明佛教吃谷及戒酒肉的正确。当有人责难佛教戒律违反《孝经》时,牟子便用古例加以驳斥,强调孝与不孝,不能只看是否违反“身体发肤”之义,更重要的是看实际行动。
中国古代虽有人死灵魂不灭之说,但没有佛教的灵魂转世之言。对此,儒者提出了非难。牟子以民间人死时上屋叫魂的习俗,证明灵魂之不灭;又把灵魂比作五谷的种子,身体比作五谷的根叶,根叶会老死腐朽,而种子却能生根发芽,故灵魂也可以转世复生。